上清派是东晋时期形成的一个道教派别。以《上清经》、《上清大洞真经》、《黄庭经》为主要经典，奉魏华存真人为开派祖师，以元始天尊、太上道君为最高神。上清派强调人体内精气神的修炼，重登斋入靖、存思诸神形象，不重炼外丹。

晋哀帝兴宁二年（364），东晋天师道士杨羲祖师扶乩降笔，称紫虚元君上真司命南魏夫人降授《上清真经》三十一卷，命杨羲祖师用隶书写出，以传护军长史句容许谧祖师及其子许翽真君，二许真君又传写《上清经》，并修行上清经法得道。东晋末，王灵期真人至许黄民真人（许翽真君之子）处求《上清经》后，又增删润色，作《上清经》法至五十余篇。江东道士慕上清经法丰博，争相传抄，故在江东地区形成传授修习《上清经法》的上清派。后陶弘景祖师搜集杨、许二真人手迹，编为《真诰》并纂集上清法术，撰《登真隐诀》，上清经法更臻完备。该派称修行得道可以升入“上清天”，比天师道的“太清”境界更高，乃自称上清家；因陶弘景祖师居茅山传上清经法，以茅山为圣地，故后世又称茅山宗。陶弘景祖师使茅山上清派不断发展壮大，在道教史上地位显赫，影响深远。

经历南北朝、隋，上清一系逐渐成为引人瞩目的道教派别。唐代初期，以茅山上清一系为中心的道教徒渐渐在社会上层的知识、思想与信仰世界占据了一定的位置，到八世纪中叶，尽管事实上也有各家道教人物活跃在长安和洛阳，但是，在上层士人中间最有影响的，还是从司马承祯真人到李含光真人的茅山上清派一系。宋代以后逐渐与其他道派合流，元代以后归并于正一道。

上清派以晋代女道士魏华存真人（南岳魏夫人）为第一代宗师，杨羲祖师为第二代宗师。杨羲祖师以下依经法传授次序，第三代至第九代上清派宗师分别是许穆真人、许翽真人、马朗真人、马罕真人、陆修静真人、孙游岳真人、陶弘景真人。

上清派是由南天师道衍变、分化而来。东晋时期，由于南下的司马氏政权对江南士族存有戒心，造成许多世家大族在政治上并不得志，他们便以老庄思想作为精神寄托，并因此而加入到道教信仰者的队伍中来。由于他们均是世家大族出身，受到过良好的教育，文化修养较高，所以对原本天师道中反映下层平民的那些思想感到不满，对原来道教中存在的浅陋庸俗的科仪教戒甚是鄙夷。于是，他们开始按照自己的喜好和兴趣对旧的天师道进行扬弃改造。上清派多重于个人精、气、神的修持法，不重符箓、斋醮和外丹，贬斥房中术，易为士大夫和统治阶级所理解和接受，这也正是该派能较快发展、壮大的重要原因。上清派的出现，反映了民间道教转向士族（士大夫）道教发展的变化。

门派宗师出身江东士族，其尊奉的《上清经》，首先表达了独特的成仙思想，使上清派对道教的终极理念的阐释富有特色；其次其所构想的身中之神使上清派在一定程度上满足了人们自我拯救的需要。同时在客观上使上清派在道教向理论化方向发展的过程起到了积极的促进作用。认为通过存思，天地之神可以进入人体，人体之神与天地之神混融，即可长生不老，飞登上清。上清派的存思、服气、咽津、念咒、佩符等修持方法，对道教斋醮仪式影响甚大。

当今许多人视老子为道教教祖，首先提出这一看法的是在唐代。以传授上清经法为主的上清一派，也出了很多知名道士，如王远知真人、潘师正真人、司马承祯真人、吴筠真人和李含光真人等等。通过怹们的活动，上清派逐渐成为在全国具有最高地位的道派。其中，王远知真人是上清派第十代宗师，为上清派进入唐代以后的兴盛，打下了重要基础。然而在影视作品《神探狄仁杰》中，被塑造成和太平公主勾结，阴谋杀害武则天，篡夺皇帝位的大反派，这些不尊重历史的影视小说，胡编乱造吸引眼球，毫无底线。

继唐代之后的五代时期，同王朝、地方政权紧密结合而十分活跃的道士中，上清派的占多数。到十一世纪初北宋真宗年代，发生了所谓的天书事件，即有人发现从天而降的布片上写着天神的意旨：宋代江山必将永存。不久之后，又发生了宋氏始祖自天而降，来到真宗龙寝的事件。结果，真宗完全倾心于道教。这两次事件同唐代的情况一样，似乎都是上清派的道士配合王朝所做的。

不过，从南宋直至明清，同正一教、全真教相比，各王室对上清派的态度显然要冷淡得多，也许反映了当时上清派的教团势力不强。之所以如此，是因为上清派既没有作为教团开展的有声有色的道教活动，也没有名声很高的杰出道士，以致逐渐被正一教吸收了。不过，据道教上清派内部人士说，上清派道士的修为要超过全真派和正一派，反正都是自家说自家话，所以小道都是很反感这种行为，天下道门都是一家，何必要一踩一捧。

上清派在道教诸派中理论最为繁富，经戒、科仪、符箓、斋醮、炼养、金丹、医药等无所不备，对道教教理、道教修炼理论、道教的发展贡献很大。

该派直到陆修静真人整理天师道，汇集道教所有经典，而后陶弘景祖师继承发展陆真人的思想，有意识地构造以上《上清派》自身的传授系统和演变历史，并总结和发展了遗留到怹手里的上清派经典，集其大成，作成《真灵位业图》，把神仙划分等级，以众真告诫的方式宣布上清派的成立。上清派始大盛于天下。

其后，上清派高道辈出，为历代朝廷、文士、名人所重，如司马承桢真人、吴筠真人等。北宋金元时期阁皂山灵宝宗坛与江西龙虎山正一宗坛、江苏茅山上清宗坛为符箓三山。

上清派的重要代表人物陶弘景祖师字通明，自号华阳隐居，谥贞白先生，丹阳秣陵（今江苏南京）人，出身于江东名门丹阳陶氏。永明十年，三十六岁时，辞去官职，“脱朝服挂神武门，上表辞禄”（《南史·陶弘景传》），退居句容之句曲山（茅山）修道。归隐以后，陶弘景祖师仍“知时运之变，俯察人心，悯涂炭之苦”。陶弘景祖师和其弟子在茅山经营数十年，从而使茅山成为上清派的中心，故后世也称上清派为“茅山宗”。怹编写的 《真诰》一书记录茅山道教的传授历史，人数在百人以上。

陶弘景祖师编订的第一部道教神仙谱系称《真灵位业图》，包括天神，地祗、人鬼和诸多仙真，大约三千名，以七个等级排列，其中央的上下次序是：元始天尊，玉晨元皇大道，太极金阙帝君，太上老君（无上太道君），九宫尚书，定录真君中茅君，丰都北阴大帝。怹对于养生学、医药学和炼丹术也有贡献，主要体现在怹的《养性延命录》中，此书总结了北魏张湛对《养生集》、《摄生论》、《养生术》等著作编集整理的养生理论，保存从先秦到两晋的已佚著作达三十二种。其基本理论就是养神和炼形，"神大用则竭，形大劳则毙"，养神就是要"游收虚静，息虑无为"，清心寡欲。炼形就是"饮食有节，起居有度"。

由于他的学识和造就，陶弘景祖师得到朝野尊崇礼问。值年皇帝信佛，陶祖极力反对，陶弘景祖师对《难镇军均圣论》及沈约答辩。

《均圣论》云：“世之有佛，莫知其始，前佛后佛，其道不异。法身湛然，各由感应，感之所召，跨大千而咫尺，缘苟未应，虽践迹而弗睹。婆婆南界，是曰阎浮，葱岭以西，经途密迩，缘运未开，自与理隔。……西国密涂，厥路非远，虽叶书横字，华梵不同，而深义妙理，于焉自出，唐虞三代，不容未有。事独西限，道未东流，岂非区区中国，缘应未启。求其会归，寻其旨要，宁与四夷之乐，同日而语乎。非为姬公所遗，盖由斯法宜隐故也。”

此论的宗旨在于解释佛法晚近始传入中土的原因，为说明佛法思想与孔儒不殊，沈约历数燧人用火、神农播谷、周孔戒杀，悉归结为“佛教之萌兆也”，并结论说：“内圣外圣，义均理一”。