玄教是符箓三宗分衍的支派之一。创始于元初，流传至元末。该派直接从龙虎宗分衍而来，创始人为元初龙虎山道士张留孙。玄教在短期内发展成如此大的规模，主要是因为得到了当时统治者的大力支持。一方面，蒙古族世奉萨满教，在思想上较易接受龙虎宗和玄教奉行的符箓道术；另一方面，因元前期全真道势力发展过猛，引起了统治者的疑忌，为了对其制约，而把扶植重点转到张陵这派，具体表现在玄教首领所受的尊宠。张留孙等辈利用元室对玄教首领的尊宠和优越的政治地位，使玄教获得很大的发展。

玄教是从龙虎宗分裂出来的，张留孙和他的弟子，都出身龙虎山，其基本信仰和主要方术，与龙虎宗无异。但有自己的传承系统，和独立的组织体制。

在玄教掌教的嬗递过程中，逐渐形成了一套掌教传承制度。第一，除张留孙由元世祖直接任命外，之后掌教皆由前任掌教选定，推荐给皇帝，由皇帝任命。第二，继任掌教在接任时，必须有皇帝的“玺书”，和张留孙遗下的大宗师印和宝剑，作为内部凭证。这些象征教权、皇权之物，独立行使管理权，不必再听命于天师，都由玄教历任掌教独自处理。

玄教又有独立的组织领导体制。其首脑机关在崇真万寿宫，最高首领是玄教大宗师。下设玄教嗣师、崇真万寿宫提点、江淮荆襄道教都提点等职，以辅助大宗师工作。其下根据元朝的行政区划，设立各级地方组织。路设道录司，职其事者为道录、道判；州设道正司，职其事者为道正、道判；县设威仪司，职其事者为威仪；最基层是宫观，设住持、提点、提举。

玄教随元世祖统一江南而兴，随元亡而亡，历世既不长，对道教的建树也不多，但在促成江南各道派在元后期合并为正一道中，却发挥了巨大的作用。一方面，历代天师虽然受命掌管江南道教，但长期在龙虎山天师府，而历代玄教首领居住京城，使之成为天师在京的代理人，他们担当起联系皇室和联络各派的责任，为江南各派最后联合成正一道大派作了必要的准备。另一方面，玄教组织的发展，又壮大了龙虎宗的力量，为正一道的形成提供了必要的组织基础。元代后期正一道的出现，其中玄教发挥着巨大的作用。